新疆医科大学是一所集医疗、卫生、药学教学和科研为一体的综合性医科大学，目前内设17所学院（中医学院、基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、成人教育学院、厚博学院、公共卫生学院、药学院、成教学院、护理学院、医学工程技术学院、国际医学教育学院、研究生院、语言学院），2个部（人文社会科学部、体育教学部），4个系（中医系、口腔系、针灸骨伤系、中药系），5所附属医疗机构。 大学本部现有1个七年制临床医学专业，17个本科专业和专业方向，28个专科专业和专业方向；拥有临床医学、药学、环境卫生等一级学科博士后流动站3个，博士学位点3个，二级学科硕士学位点35个 , 一级学科专业硕士学位点2个；设有8个自治区级研究所（中心），5个自治区级重点学科，2个自治区级重点实验室，在全疆各地建有各类临床教学实习基地40余所。同时是全国48所高校“在职人员申请研究生学位授权单位”、全国45所高校“临床医学专业试点学位单位”和全国公共卫生管理专业硕士（ MPH ）授予单位之一，拥有硕士生导师、博士生导师审批权、教师系列副教授、卫生系列主 任 医师专业技术职务评审权。 大学本部占地面积2696亩，建筑面积70万平方米。
大学本部现有教职工6225人，专业技术人员4617人，具有高级专业技术职务人员947人。现有博士生导师35名，硕士生导师335名。全校有43名专家享受国家政府特殊津贴，13位同志获自治区有突出贡献的优秀专家称号。 大学本部目前同美、英、法、日、俄、巴基斯坦、哈萨克斯坦等17个国家以及国内20多所高等院校或科研机构建立了合作关系。图书馆拥有馆舍5452平方米 ，藏书40余万册。
新疆医科大学厚博学院为2003年5月6日 获准成立，并根据2004年2月5日 教育部教发函［2004］13号文件正式批准， 由新疆医科大学举办的一所按新机制、新模式运作，充分依托、发挥新疆医科大学综合办学优势，中西医并重，具有浓郁地域特色的本、专科层次的综合性高等医学院校。 厚博学院现有教学管理科、学生管理科、财务管理办公室、综合办公室等4个职能科室，8名工作人员。
⒈ 学院的目标定位：整体医学教育水平为新疆地区高等院校的中上水平，在西北地区、乃至全国具有一定知名度；
⒉ 类型定位：以教学为主的高等医学院校；
⒊ 层次定位：全日制本科层次学历教育；
⒋ 学科定位：以医学类专业为主、积极推动医学相关类专业发展，以非医学类专业为辅；
⒌ 服务面向定位：立足新疆、服务边疆、面向全国，培养出具有品德高尚、基础理论扎实、专业口径宽、实践能力强、职业素质高、勤奋敬业、富有创新精神和开拓能力的实用性复合型医学人才。
新疆医科大学厚博学院2003年4月由新疆维吾尔自治区教育厅批准成立，2004年2月5日国家教育部确认的、实行新型办学模式的全日制本科普通高校。
第四条学校全称：新疆医科大学厚博学院。
第五条学校校址：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市新医路8号。
办学层次：本科。
办学类型：独立学院。
新疆医科大学全面负责厚博学院的教学和管理，择优选派任课教师及管理人员。教师中绝大部分具有教授、副教授职称，可充分保证教学质量。新疆医科大学厚博学院依托新疆医科大学的学科优势，专业设置适应医学科学发展最新趋势，符合社会发展需要和人才市场需求。
专业设置
临床医学（五年制）
专业代码：100301
学制5年
主要课程：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学及分子生物学、病原学、免疫学、病理解剖学、病理生理学、药理学、诊断学、外总外科手术学、传染病学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学。
就业方向：学生毕业后，主要在各级医院从事临床医疗、与医学有关的科学研究和医学教育工作。
口腔医学（五年制）
专业代码：100401
学制5年。
主要课程：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学及分子生物学、病原学、病理解剖学、药理学、诊断学、内科学、外科学、口腔内科学、口腔颌面外科学、口腔修复学、口腔影像诊断学。
就业方向：学生毕业后，主要在各级专科医院、综合医院口腔医学科室就业。
中西医结合临床医学专业
专业代码：100505
学制：5年。
主要课程：中医基础学、中医诊断学、中药学、方剂学、中医内科学、生理学、病理学、药理学、正常人体解剖学、中西医结合内科学、中西医结合外科学、中西医结合五官科学、中西医结合妇科学、中西医结合儿科学、中西医结合急诊学等。
就业方向：学生毕业后，可在各级各类医院从事中医医疗、中西医结合医疗，教学、科研等工作。
医学影像学（五年制）
专业代码：100303
学制：5年
主要课程：人体解剖学、生理学、生物化学及分子生物学、病理解剖学、医学影像物理学、断层解剖学、诊断学、外总外科手术学、影像检查技术、影像设备学、放射诊断学、内科学、外科学、CT诊断学、MRI诊断学、超声诊断学。
就业方向：学生毕业后，可到各级各类医院放射科、影像中心、医学院校从事医学影像诊断、放射治疗，以及医学影像教学、科研工作。
公共事业管理（卫生事业管理专业方向）
专业代码：110302
学制：4年。
主要课程：正常人体形态学、人体机能学、微观经济学、公共关系学、管理心理学、卫生管理统计学、管理学基础、卫生经济学、社会医学、流行病学、卫生法学与监督学、卫生事业管理学。
就业方向：学生毕业后，主要在各级各类医院、医药院校、科研机构、医药公司、环保机构、社会保险及卫生行政部门等与医药相关的单位从事管理、教学、科研等工作。
药学（临床药学方向）
专业代码：100801
学制：4年
主要课程：有机化学、生物化学与分子生物学、分析化学、药理学、药物化学、内科学、外科学、妇产科学、天然药物化学、药物分析学、药剂学、生物药剂学与药代动力学、药事管理。
就业方向：本专业毕业生毕业后主要到各类制药企业、医药公司、各级综合性医院、药品检验机构、医药院校、药学研究机构、药品监督管理等部门工作。
医学检验
专业代码：100304
学制：4年
主要课程：组织胚胎学、生理学、生物化学、 免疫学、病理生理学、临床检验基础、内科学、外科学、分子生物学、临床微生物及检验、临床免疫及检验、临床血液及检验、临床生化及检验。
就业方向：学生毕业后能在各级医疗机构、疾病控制中心、食品卫生监督机构、血液中心、医学科研单位从事相应工作。另外，商品检验、环境保护、海关检疫试剂研制及营销等单位对医学检验专业人员也有一定需求。