福建卫生职业技术学院是2005年5月福建省政府批准，经国家教育部备案，在原福建卫生学校和福州卫生学校的办学基础上合并成立的。在几十年的办学历程中，学校先后吸纳了福州医士学校、南安中药材学校、福州助产学校、福建育才卫生学校的办学资源，现已发展成一所培养护理、药学、医学以及医学相关类医药卫生人才的高等职业院校，隶属福建省卫生厅。近年来，学校努力实践“业精德诚”的校训，抓住机遇，深化改革，学院发展取得了历史性的跨越。
福建卫生学校创建于1954年，为全国重点卫生中专学校，是我省最早的药学和医学检验技术人才培养基地。福州卫生学校的办学历史可追溯到创建于1912年的福州（美国）马高爱医院护士学校，为我省培养了一大批护理业务骨干和护理管理人才，并在全省职业院校中首先开办医学影像技术专业。
为适应社会经济和医学教育发展的新形势，2002年经省市有关部门协调，达成将福州卫生学校并入福建卫生学校，通过土地置换，筹措资金，迁址新建，组建高职高专院校的多赢方案。2005年10月学院建成并投入实用。学校占地面积537亩，建筑面积11.1万平方米，现有800元以上教学仪器设备总值2383.78万元，图书馆藏书26.49万册。目前学校共有教职工313人，其中专任教师210人，副高以上职称91人，博士、硕士49人，双师素质教师98人。全日制高职在校生3626人。五十多年来，为社会培养了近3万名毕业生。
学院设有护理系、药学系、临床医学系、检验影像系和医学基础部、公共基础部6个系部，拥有福建省妇幼保健院和福建省级机关医院两所附属医院。开设有护理、助产、药学、医药营销、临床医学、医学检验技术、医学影像技术、口腔医学技术、药物制剂技术、药物分析技术、生物制药技术、卫生检验与检疫技术、卫生信息管理、公共卫生管理等14个专业，形成了护理、药学、医学、医学相关类四个专业群。护理专业被评为福建省高等职业教育精品专业，药剂学、药理学、基础护理学被评为省级精品课程。
学院坚持以服务为宗旨，以就业为导向，培养服务经济社会发展和海峡西岸经济区建设需要的，具备必要的理论、较强实践能力和良好职业道德的高素质技能型医药卫生人才。抓住职业教育的根本目标，积极开展教育教学改革与创新，提出了“小课堂授业，大课堂育人”的人才培养模式。小课堂授业重在培养职业能力，大课堂育人重在强化职业道德。
学院重视实训实习基地建设，除两所附属医院外，还有福建省立医院、福州市第一医院等5所教学医院和141个校外实习实训基地。建立了护理、药学、临床医学、医学检验、医学影像、口腔医学、基础医学、文化基础等校内八个实训基地。药学实训基地为中央财政支持实训基地，护理实训基地为省级高等职业教育实训基地。学院还被省科协、省委宣传部确认为“福建省科普教育基地”。为了强化学生的职业技能，学院制定与实施了护理、助产、药学、医学检验技术、医学影像技术5个专业职业技能测试标准，开创了实践教学的新路子，提高了人才培养质量。此外，作为省乡村医生培训中心和省乡镇卫生院卫生技术人员培训中心，每年培训基层卫生技术人员3万多人次，已成为我省基层卫生技术人员培训重要基地。
近年来，学院教师主持或参与各级、各类科研项目59项（其中国家级2项、省级11项、校级46项），在全国各级学术刊物上发表论文195篇，主编或参编教材42部。获经贸部第七届全国发明展览会金杯奖1项，获省科技进步三等奖1项，完成科研成果转让1项，入选第六届中国海峡项目成果交易会参展成果1项，向国家药监局申请临床批件1项，入选省卫生厅青年科研课题资助计划4项，还承担完成了卫生部《全国高职高专教育药学专业设置标准》的研究制定工作。
九十年代以来，学院获得省、市级各类荣誉四十多项，先后被授予“省直机关先进基层党组织”、“厅直机关先进基层党组织”、“全省卫生系统先进单位”、“全省卫生系统创文明行业工作先进单位”、“平安校园”等荣誉称号。
传承历史，再创辉煌。面对高等职业教育蓬勃发展的大好机遇，学院实施“小课堂授业，大课堂育人”的人才培养工程，坚持“强内涵，创特色，树品牌，争一流”的办学理念，秉承“业精德诚”的校训，加强内涵建设、深化改革、规范管理，努力提高人才培养工作水平，争取早日将学院建成一所省内一流、国内领先的示范性高职院校，建设成为海峡西岸经济区医药卫生人才的重要培训基地，为海峡西岸经济区建设做出新的贡献。