玉溪农业职业技术学院的前身是国家级重点中专玉溪农业学校，学校成立于1956年，1991年经省教委评估认定为“合格中专学校”；1993年被省政府认定为“省部级重点中专学校”，同年省政府批准建立“云南省玉溪烟草栽培学校”；1996年被省科委、团省委定为“云南省青年星火技术培训示范基地”，并获云南省农业中专教学规范化管理一等奖；1997年省教委命名为“省级文明学校”；1998年被省委、省政府命名为“省级文明单位”；1999年被省委、省政府命名为“文明单位工作先进单位”；2000年首批步入国家级重点中专行列。于2002年3月22日经省政府批准，国家教育部备案，成立以举办高等职业技术教育为主、面向全国招生的普通全日制公办高等职业学校（即玉溪农业职业技术学院）。
校园占地面积166.11亩，建筑面积68110.53m2；建有15个实验室和科技园、养殖场、农场等实验实习场所及34个校外实习基地；图书馆现有藏书10万多册；拥有700多台微机，建立了主干千兆校园网，通过宽带与国际互联网对接，校园建有标准田径运动场1块，篮球场4块，排球场2块，小型足球场3块，学校固定资产达4418万元。
学院拥有一支爱岗敬业、专业技能熟练、教学经验丰富的师资队伍。现有在职教职工192人。专业技术人员中有副教授25人，高级讲师5人；有72人具有中级专业技术职称。近年来，有32名教师获得硕士学位，1名教师被评为“全国优秀教师”，有5名教师获得省级优秀教师、优秀教育工作者的荣誉称号，先后10项科技成果获得了市级以上科技成果奖，编著出版教材22部;2005年在省级以上刊物发表论文45篇。现学院聘请外籍教师三人，开设了英语提高、韩语、傣语等课程。